Рассказываю из собственного опыта:
- автомобиль был куплен еще до получения КП (была валидная виза Д);
- в техпаспорте тоже стояла отметка "pobyt wazny do" и дата окончания визы;
- после получения КП никаких отметок нигде не делал, успешно пересекал несколько раз границу на этом же автомобиле.
Один знакомый ездил пару лет с такой отметкой. После получения следующей КП (по истечении трёх лет) никаких отметок в свидетельстве регистрации авто не делал. Неоднократно останавливался полицией для каких-то проверок - проблем не было.
Как правильно было отмечено выше, легальность пребывания и право собственности - разные вещи. Так что не переживайте, можно ездить с "просроченной" отметкой и ничего не будет